Meskipun CPM dan PERT memiliki tujuan, elemen atau komponen jaringan, serta cara analisis data yang sama, namun terdapat beberapa perbedaan sebagai berikut:
a. PERT merupakan teknik manajemen proyek yang menggunakan tiga perkiraan waktu untuk tiap kegiatan yaitu waktu tercepat, terlama, serta terlayak. CPM hanya memiliki satu jenis informasi waktu pengerjaan yaitu waktu yang paling tepat dan layak untuk menyelesaikan suatu proyek.
b. PERT menekankan tepat waktu, sebab dengan penyingkatan waktu maka biaya proyek turut mengecil, sedangkan pada CPM menekankan tepat biaya.
c. Dalam PERT anak panah menunjukkan tata urutan (hubungan presidentil), sedangkan pada CPM tanda panah adalah kegiatan. Meskipun demikian, CPM dan PERT mempunyai tujuan yang sama dimana analisis yang digunakan adalah sangat mirip yaitu dengan menggunakan diagram anak panah.
d. PERT memusatkan perhatian pada penemuan waktu penyelesaian kegiatan yang bersifat probabilistik sehingga waktu penyelesaian proyek bisa dianalisis dengan menggunakan hukum-hukum statistik. CPM lebih memusatkan perhatiannya pada penemuan waktu percepatan suatu kegiatan dengan biaya minimum agar proyek bisa selesai dalam waktu tertentu, contohnya mengerahkan sumberdaya tambahan untuk memperpendek durasi pekerjaan.
e. PERT digunakan pada proyek yang taksiran waktu kegiatannya tidak bisa dipastikan, misal kegiatan tersebut belum pernah dilakukan atau memiliki variasi waktu yang besar. CPM digunakan apabila taksiran waktu pengerjaan setiap kegiatan dapat diketahui dengan baik, dimana penyimpangannya relatif kecil atau dapat diabaikan.
f. PERT events oriented, menggunakan pendekatan activity on node (AON)
g. PERT mencurahkan perhatiannya di area penelitian dan pengembangan program. CPM terutama digunakan untuk program konstruksi.
h. PERT mengasumsikan sebuah distribusi probabilitas untuk waktu di tiap kegiatan sehingga kelengkapan perkiraan waktu untuk semua kegiatan diperlukan
